De woning op het landgoed verzelfstandigt en vormt de basis voor het later ontstane landgoed Bouvigne

Halverwege de 16de eeuw onderging de Boeverie een ingrijpende verbouwing. In 1548 gaf de toenmalige eigenaar Jan van Brecht opdracht aan een timmerman om een nieuw huis te bouwen. Dit nieuwe huis verving het herenhuis naast de Grote Hoeve en kan als de voorloper worden gezien van het huidige kasteel. Het nieuwe huis had een torentje met een rechthoekig volume van één bouwlaag met kap en werd deels omgracht. De bouw van het nieuwe huis volgde ongeveer 30 jaar nadat het Mastbos in de buurt van de Boeverie was aangelegd.

De paden en wegen rondom de Boeverie waren in deze eeuw nog niet recht. Dat zou nog tot het begin van de 17de eeuw duren. Hoewel in sommige bronnen staat vermeld dat het poortgebouw in de 16de eeuw is gebouwd, lijkt het waarschijnlijker dat het pas bij de verbouwing van rond 1611 werd gerealiseerd.