In de 17de eeuw vindt de grootste ingreep plaats die tot op heden herkenbaar is: de driedeling in eilanden rond het huis, de vol

De 17de eeuw begint problematisch voor Breda en directe omgeving. Het Spaanse leger onder leiding van Ambrogio Spinola (1569-1630) neemt Breda in na een belegering van bijna een jaar op 5 juni 1625. Als gevolg van vrij schootsveld voor Spinola werd in 1624 de Kleine Hoeve ten noorden van het kasteel verwoest.

Hoewel het roerige tijden waren, kocht Jan Baptiste Keermans de Boeverie aan en startte in 1611 voortvarend met zijn verbouwplannen. Hij liet het huis uitbouwen tot zijn huidige vorm met volledige omgrachting. Uit deze periode stammen ook de drie eilanden: de moestuin ten oosten van het kasteel, de voorburcht met poortgebouw ten zuiden van het kasteel en het omgrachte eiland ten zuiden van deze voorburcht. In 1614 kwam de Boeverie in eigendom van Philips Willem van Oranje.

Op kaartmateriaal van Cornelis Lips zien we naast de aanleg van de drie eilanden en omgracht kasteel ook de aanleg van de huidige Bouvignelaan en Bouvigendreef. Naast de kaarten van Lips zijn ook veel kaarten van Breda en omgeving gemaakt in verband met de belegeringen van deze stad. Interessant voor Bouvigne zijn de kaarten van Joan Blaeu uit 1625 en van Jacques Callot uit 1626. We zien op deze laatste kaarten dat de Boeverie dienst deed als kampement voor de Spaanse troepen, en ten westen van het huis was dan ook een verdedigbare wal aangelegd. Het kan goed zijn geweest dat deze wal de lijn volgde van de huidige Bouvignelaan.